保健食品備案檢驗項目有很多，可以說所有產品必須完成安全性毒理學試驗、功能學試驗(營養素補充劑除外)、穩定性試驗、衛生學檢驗、功效成份鑒定試驗。根據產品的功能和原料特性，還有可能要求申報的產品進行激素、興奮劑檢測、菌株鑒定試驗、原料品種鑒定等。衛生學檢測是對產品的衛生學指標進行檢測，包括兩類:理化檢測和微生物檢測。理化檢測主要是對產品理化指標進行檢測，如污染物指標(鉛、砷、汞)、功效成分、崩解度等。
微生物檢測是對產品的微生物指標進行檢測，如大腸菌群、菌落總數、霉菌、酵母等。穩定性檢測是檢測產品在聲稱的保質期內各項指標是否穩定，其檢測項目與衛生學檢測的項目相同，對于新產品，檢測的時間分別在產品放置于模擬環境后1個月、2個月、3個月時進行。安全性檢測是對產品安全性毒理學的檢驗。根據產品配方的不同，毒理學檢測的項目有所不同。一般產品都應進行二階段的檢測，有的產品還應做30天喂養或更深階段的毒理學檢查。功能學檢查是檢驗機構根據國家標準或評委會認可的試驗方法對產品聲稱的功能的檢驗。
