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國家食品藥品監督管理總局行政受理機構負責接收相關進口保健食品備案材料。省、自治區、直轄市食品藥品監督管理部門負責接收相關保健食品備案材料。《辦法》規定，國家食品藥品監督管理總局負責保健食品注冊管理，以及進口的屬于補充維生素、礦物質等營養物質的保健食品備案管理，并指導監督省、自治區、直轄市食品藥品監督管理部門承擔的保健食品注冊與備案相關工作。省、自治區、直轄市食品藥品監督管理部門負責本行政區域內保健食品備案管理，并配合國家食品藥品監督管理總局開展保健食品注冊現場核查等工作。市、縣級食品藥品監督管理部門負責本行政區域內注冊和備案保健食品的監督管理，承擔上級食品藥品監督管理部門委托的其他工作。
備案人對申請材料的真實性、完整性、可溯源性負責，對產品的安全性、有效性和質量可控性負責。審評機構負責組織審評專家對申請材料進行審查，并根據實際需要組織查驗機構開展現場核查，組織檢驗機構開展復核檢驗，在60日內完成技術審評工作，向總局提交綜合審評結論和建議。與以往的注冊管理制度相比，《辦法》依據新食品安全法，對保健食品實行注冊與備案相結合的分類管理制度。對使用保健食品原料目錄以外原料的保健食品和進口的保健食品實行注冊管理。對使用的原料已經列入保健食品原料目錄的和進口的屬于補充維生素、礦物質等營養物質的保健食品實行備案管理。進口屬于補充維生素、礦物質等營養物質的保健食品，其營養物質應當是列入保健食品原料目錄的物質。產品聲稱的保健功能應當已經列入保健食品功能目錄。保健食品原料目錄和允許保健食品聲稱的保健功能目錄由總局會同國務院衛生行政部門、國家中醫藥管理部門制定、調整和公布，相關配套管理辦法另行制定。
