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保健食品備案流程分幾個環節，配方論證：根據中國保健食品原料用量要求，做出配伍性強、劑型合理、有一定功效的配方，經保健食品專家、營養師等研究論證。
小試研究：在保健食品GMP小試車間進行配方的小試生產論證，小試研究員不斷的嘗試和檢測，確定產品配方、生產工藝和一套產品檢測的方法學論證。中試生產要求：保健食品GMP車間，合格的原、輔料及包材（在實驗室中做入廠檢測）；按照小試的配方和工藝生產三批樣品，在實驗室中對成品功效成分、成分、理化指標等檢測。
理化、毒理、功能試驗：一般產品都需要進行安全性試驗（毒理）、功能學試驗（動物功能/人體試食試驗）、穩定性試驗、衛生學檢驗、功效/標志性成分鑒定試驗。根據產品的功能和原料特性，還有可能要求申報的產品進行激素、興奮劑檢測、菌株鑒定試驗、原料品種鑒定等。產品受理：產品受理是指國家局受理，前期需要準備申報材料。
省局抽樣：省局向試制單位進行抽樣，主要檢查：產品配方；產品質量標準及說明書；原輔料包材出入庫及檢測記錄、廠家資質；成品生產記錄；成品檢測記錄；儀器使用記錄、設備使用記錄、生產單位資質、中試生產表等等。
技術審評、行政審評：國家局組織專家進行產品技術性審評，會提出意見，申報廠家根據意見需要補充資料說明。獲得證書：國產保健食品批準文號格式為：國食健字G+4位年代號+4位順序號；進口保健食品批準文號格式為：國食健字J+4位年代號+4位順序號。
