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保健食品備案，是指保健食品生產企業依照法定程序、條件和要求，將表明產品安全性、保健功能和質量可控性的材料提交市場監督管理部門進行存檔、公開、備查的過程。也就是說，二者在審評機制和申報流程上都有所不同，備案制省去了之前反復困擾申報企業的審評環節。
南京保健食品注冊，是指市場監督管理部門根據注冊申請人申請，依照法定程序、條件和要求，對申請注冊的保健食品的安全性、保健功能和質量可控性等相關申請材料進行系統評價和審評，并決定是否準予其注冊的審批過程。
保健食品備案所要求的資料項和保健食品注冊大體相同，只不過在產品研發方面降低了要求，無需提交產品研發報告及相關數據，包括研發人、研發時間、研制過程、中試規模以上的驗證數據，目錄外原料及產品安全性、保健功能、質量可控性的論證報告和相關科學依據，以及根據研發結果綜合確定的產品技術要求等。這也就意味著，備案制可為企業節約大量的前期研究的時間和費用。
