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南京保健食品注冊需要衛生學檢測，主要是對產品理化指標和微生物指標進行檢測，如重金屬、農藥殘留、崩解時限、PH值、微生物等。安全性檢測，是對產品安全性毒理學的檢驗。根據產品配方的不同，毒理學檢測的項目有所不同。一般產品都應進行一二階段的檢測，有的產品還應做90天喂養或更深階段的毒理學檢查。穩定性檢測，是檢測產品在聲稱的保質期內各項指標是否穩定，其檢測項目與衛生學檢測的項目相同。一般進行加速穩定性試驗，及在產品放置于38℃、濕度75%條件下放置1個月、2個月、3個月時對各項指標進行檢測。功能學檢查，是根據國家標準或評委會認可的試驗方法，對產品聲稱的功能進行檢驗。根據所申報的功能不同，要求進行動物功能試驗和/或人體試食試驗。
對于營養素補充劑，不要求進行功能學試驗。使用《維生素、礦物質化合物名單》（國食藥監注[2005]202號）以內的物品，其生產原料、工藝和質量標準符合國家有關規定的，一般不要求提供安全性毒理學試驗報告。
一般產品都需要進行安全性試驗（毒理）、功能學試驗（動物功能/人體試食試驗）、穩定性試驗、衛生學檢驗、功效/標志性成分鑒定試驗。根據產品的功能和原料特性，還有可能要求申報的產品進行激素、興奮劑檢測、菌株鑒定試驗、原料品種鑒定等。
