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根據《保健食品注冊管理辦法》的規定，國家食品藥品監督管理局負責確定承擔保健食品試驗、樣品檢驗和復核檢驗的檢驗機構。進口保健食品必須在國家CDC進行試驗，從2013年的南京保健食品注冊檢驗機構遴選后，其它認定的檢驗機構也可以為進口保健食品進行注冊檢驗。承擔樣品注冊檢驗的機構不能再承擔該樣品的復核檢驗。
檢驗機構對申報者委托檢驗的樣品進行檢測包括：衛生學試驗，功效或標志性成分檢測，穩定性試驗（安全性評價、動功學試驗、試食）復核檢驗機構對申報者新生產的三批樣品，按產品技術要求（功穩衛）進行的復核檢測。抽樣檢驗，市場監督管理局以購買方式獲取樣品（履行相關抽樣程序），交由檢驗機構根據產品技術要求，對樣品進行檢測。
